2020年12月8日より、GitHubはパブリックベータ版としてダークモードの設定ができるようになりました。
「settings」の「Appearance」からテーマの設定ができます。
https://github.com/settings/appearance
現在はβ版ということもあり、Feedbackの送信もあります。
今までのテーマに見慣れてしまって、まだちょっと見づらい印象はありますがこれからまだフィードバックも受けて精査されていくかと思います。
ダークモードはアプリもWebも対応が主流になってきていますね。
自分でやっていても思いますがダークモードのカラーコーディネートって奥が深いですね。うーん難しい。

Dark mode public beta
Dark mode public beta